基本的には自分が描きたい物を描くのが同人の醍醐味だとは思いますが、売れる本となるとまた考えは違って来きます。
自分の描きたい物=買い手の需要なら一番理想的ですが、必ずしもそうではない場合、買い手のターゲットを何処に絞るかによって本の内容は変わる筈です。
>なぜ多くの人が萌え系を求めるのか
との質問ですが、それは1つ、現在売買されている同人誌の多くがアニメやゲームに関連した物であり、買い手の客層がいわゆる萌え好きなアキバ系の人達になっているから、多くの同人が萌え系なんだと思います。
また質問者さんが仰っている「一般向け」とは具体的にどういった物を指しているか疑問ですが、一般向け=全年齢向け、萌え系=成人向けと解釈してしまっても良いのでしょうか?
一般向け=アニメやゲームに関係しない物(創作、鉄道、評論・情報などなど)とした場合、例えばアニメ関連の同人即売会で、そのような本を売れば当然売上は少ないと思いますが、もし前者の場合、一般向けでもギャグやオリジナル、同人ソフトなど、そう言ったジャンルで成功している方も多くいるとは思います。
売上に関して悪い表現をすれば、単純に買い手に媚びた物を作れば売れるとは思いますが、あとは描き手さんの同人への考え方次第です。
利益を上げる為の本を作るのか、利益はいいから自分の描きたい物を描くのか。
一般的なアニメ・ゲーム関連の同人誌即売会などでも、
自分で描きたいから自分を表現すべく利益を無視して描いている人。
描き手の描きたい物と買い手の欲しい物が合致している人。
利益を求めて流行っているアニメ・ゲーム作品の本を出す人。
大体、この3つに大きく分かれるのではないでしょうか。