>>同じ大学の（たとえば工学部と人文学部）でセンターの国語の配点などが違うというのはどうゆうことなんでしょう？
各大学がほしいと考える、特徴のある学生を合格させるためです。
たとえば同じ工学部でも化学系なら化学ができる学生がほしいでしょうし、技術系なら物理や数学ができていてほしいですよね。
また、大学・学部・入試方法によって、合否の判定に使う科目にも差があります。理系の学部では国語の得点は合否に影響を与えないこともありますし、古典や漢文の得点は含めない、などですね。
逆にある科目を受けていないと出願すらできないケースもあります。あなたが受験生なら、気をつけましょう。
同じ学部・学科でも、入試方式によって必要な科目・配点が異なることがあります。国公立なら前期と後期で異なるのが普通です。
>>同じ問題でも一問一問の配点が違うんでしょうか？
傾斜配点方式といって、各教科、科目の満点を操作する形で行います。ただし、例外が２つあります。
国語は、近代以降の文章(現代文)のみ とか、漢文を除く、など、一部の問題の配点を０と考えるケースがあります。
外国語のうち、英語だけはリスニングがありますが、これを課さないケースがあります。
また、いくつかの科目、国語なら、現代文、現代文＋古典など、いくつかの得点を比較して高得点を採用してくれるケースもあります。(平均点を採用するケースもあります）
個々の大学・学部・学科・日程・入試方式によって、さまざまですので、将来受験される予定があり、志望大が決まっているなら、各大学のホームページや入試センターのハートシステムなどで、調べておかれることをオススメします。
受験生が大学に合格するための競争の単位(募集人員の単位）を細かい入試方式までカウントすると、国公立大で３～４０００，私立大等まで含めると１５０００以上にもなります。
ホントにさまざまで、レアケースでは過去には私立大ですが、受験生間の満点を揃えないで合否を決定する（理科を取った方が満点が多くなるなどですね）ケースすらありました。一般論では収まらないやり方の大学もありますので、具体的な例で調べるしかありません。
お礼
日本全国おなじですか！そうですよね。 ええと、どの科目の点数を重視しているかですか！ ということは点数が高いほど重視しているということですよね！？