はい。会社は別です。
トヨタ自動車株式会社・・メーカーであり、開発や製造等を行っています。
その下に
トヨタ自動車販売株式会社、トヨペット自動車販売株式会社、トヨタカローラ販売株式会社、ネッツトヨタ販売株式会社のディーラーがあり、メーカー資本の会社です。いわゆるトヨタ店やカローラ店等と呼ばれる部分です。(会社名は一部間違っているかも知れません・・・)
その下に
ネッツトヨタ○○株式会社、トヨタカローラ○○株式会社等の販売会社があります。要は販売店です。販売会社には100%メーカー資本の会社(ディーラーが設立)と民間資本の会社と2通りあります。民間資本企業はフランチャイズです。
それぞれが一応独立した企業ですので、すべての会社に社長がいます。