てっきりスペックの問題かと思いましたが、いいパソコンなのですね。
ハードディスクも100GBあれば、まさか残りが1GBを割っているということもなさそうですし。
バックグラウンドでアプリケーションを動かしながら無理矢理閉じようとしているわけではないですよね。でしたら、アプリケーションは全て閉じてから、ウインドウズを終了してください。タスクマネージャーからアプリケーションを開いて、動いているアプリケーションがないか確認してみてください。
ウインドウズを終了するに何か自動でアプリケーションが動くように設定していませんか?(例えばマイクロソフトアップデートなど。これが動くとアップデートファイルが存在する場合はインストールしてから終了しようとするのでかなり時間場合もあります。)
その代わり、インストールするファイルがなければ通常どおり終了するので、毎回症状が出るわけではありません。
まあ、あとは月並みですが、ウイルスチェックやスパイウェアチェック、エラーチェック、最適化、ディスクのクリーンアップなどを気休め程度に施す。
ウイルスチェック系のアプリケーションが2つ以上あるのであれば、どちらかを削除する。(削除すると却って不具合が出ることもあります。)
また、プリンタドライバなどがあれば、一旦捨ててインストールしなおす。カード類が挿してあれば全て抜いてみる。
パソコンを購入して1年以上経過しているのであって、上記を全て試しても状態が改善しないのであれば、私ならばXPを再インストールします。
すっきり終了できない、この手の不具合は、それ以上つっこんでも無駄な事が多いです。PCの内部をすっきりさせるためにも定期的に再インストールはした方が良いと思いますし、解決が早いです。