仕事がら「効率の良い耳コピ」は絶対条件でしたので、この分野はかなり研究しました。
ただし先に言っておきますが・・あなたの質問に関してですが、MIXされた音源から特定の波形（ターゲットの楽器音）だけを完璧に抽出するのは不可能です。
製作段階（各楽器パートが別トラックで保存されている状態）であれば、いくらでもカラオケとかギターだけのCDとかは作れます。
出来るだけ効率良く採譜する・・という事であれば、
WPAK32という耳コピソフトが有名です。
フリーなのにホント良く出来てますよ。
音源をPCにwavで取り込み、ボーカルの帯域を落としてギターだけ聞き取り易くしたり出来ます。
またベース音などは低くてモコモコしていて細かいフレーズ等は取りにくいので、このソフトのオクターブを上げる機能を使えばはっきり浮き出てきます。
ただしこの時実際のベースラインは1オクターブ下で採譜してください。
また極端なpan振りMIXで、L（R）からだけかすかに聞こえる楽器音とかありますよね？
そういう場合はL（R）の成分だけを抽出する機能もあります。
いずれにせよmp3等の圧縮されたファイルでは内容を編集する事は出来ませんので、何のソフトでCDを取り込むかわかりませんが、必ずwavで保存してください。
ソフトのURJも含めて下記に一度詳しく解説していますので、参考にして下さい。
お礼
ご回答ありがとうございます。返事遅れてすみません。 早速ダウンロードして使ってみました。バッチリです！