マイル数ということなら、基本的は同じ路線は同じマイル数です。ただ、キャンペーンでボーナスマイルが付いたりして、差が出ることもあります。
マイルを貯めたいと言うことなら、どちらかに航空会社を絞らないとだめです。なぜならお客をなるべくライバル会社に乗せないためにやっているのがマイレージサービスだからです。JALをひいきにしてくれる人に、あるいはANAばかりに乗る人にえこひいきしましょうというサービスだと考えれば理屈がわかりますよね。
ただ、JALもANAも基本的には1万マイルを貯めなければ特典にありつけませんから、何回も海外に行かなければ使えるほどマイルは貯まりません。特に国内線利用だけで貯めるには、毎月のように北海道や沖縄にでかけないと。
マイルは計画的に貯めないと使えませんから、あまり気にしなくてよいと思いますよ。