それは、乗り越し精算の規則があって、それに則るとそういう風になります。
例えばA駅からB駅までの乗車券を持っていたとして、列車に乗ってあとB駅の先のC駅にいくとします。
１）A駅からB駅までの距離が１００KM以下の場合
１００KM以下の乗車券を購入して乗り越すときは実際に乗る運賃と初めに払った運賃の差額を払います。
従ってA駅からB駅が150円でA駅からC駅までが2、210円の場合、精算金額は差額の2,060円になります。
２）A駅からB駅までの距離が１０１KM以上の場合
１０１KM以上の乗車券を持っていて乗り越し精算をする場合は、差額計算でなくB駅で運賃を打ち切って更にB駅からC駅の正規運賃を支払います。
従ってA駅からB駅までが2,520円でA駅からC駅が3,260円、B駅からC駅までが400円の場合はC駅で400円払えばよくなり実際より安くなります。（場合によっては通しで買ったほうが安くなることもあります。）
今回の場合、東京から京都のきっぷの場合、乗車券は東京都区内～京都市内になりそのきっぷで西大路まで有効になるため高槻駅では西大路～高槻間の280円精算になります。
ところが、高槻から京都までの乗車券を購入して京都駅で（駅の改札内の精算所で購入の場合）東京まで購入しますと、最初の高槻から京都間は１００KM以下ですので、高槻から東京間の8,190円と380円の差額だけを精算すればいいのですが、
今回の場合恐らく一回改札を出ているため380円取られているのだと思います。改札を出ると一回そこで打ち切りになりますので。
あと、高槻駅からSuica、ICOCAやJスルーカードを使って入場した場合は、380円取られます。
エクスプレスカードをお持ちで東京～高槻間に行く場合は、実は、ちょっと面倒かもしれませんが乗車券のみを事前にみどりの窓口で購入して、特急券を京都駅の新幹線連絡口のエクスプレス予約専用の特急券受取機で受け取ると安くなります。
尚、東京からの場合乗車券を同じくみどりの窓口で乗車券だけ東京都区内～高槻まで購入して、東京駅の構内にあるエクスプレス予約専用の機械で特急券を発券すれば問題ないです。
もしJCB、VISA、MASTER付きのエクスプレスカードで無い場合は新しく申し込むか、申し込まない場合は、JCB、VISA,MASTER、AMEX、ダイナースのカードであればJR東日本でも、JR西日本でも乗車券は購入できます。
