1番です。
確かに他の皆様の回答と、質問者様のレスポンスを見比べて、「そのUSBメモリってば、なんか変!」が前提です。
1点、先に・・・
> ファイル数が多い方が時間がかかるのは
> HDDの動作から必然的にくるものではないでしょうか。
> シークの問題だとか。
については、おおむねおっしゃるとおりですが、私の知識じゃ正確に説明できませんが、フラッシュメモリ等のメモリデバイスでも、内部的に、HDDとはまた違う仕組みではありますが、「FAT見て、クラスタ探して、読みに行く」と同等の動作をします。
フラッシュメモリ等は、確かに素子はメモリチップなれど、このHDDで言うシーク動作が、世間一般の想像よりも実は相当遅いです。世間一般では可動素子が無いのだから一瞬のはずと思われてますが、古いメモリデバイスでは、ヘタするとHDDより遅いものもありました。
そういうこともありますから、特になにやら調子の悪い?フラッシュメモリだと、ファイル数が多いと転送にやけに時間がかかる・・・というところまでは、理解できます。
しかし・・・確かに異様に遅いですね。
ここまでの記事を見ている限り、本体側(特にHDD)には、そんなに問題点は無いように思います。
回答になってませんが、私もなにかVIAチップセットがアヤシイ気がしてきました。
BIOSのアップデートとかVIAのオンボードUSBドライバのアップデートは試されましたか?
チップセットの悪さだと、それくらいしか対抗策無いですね。
あとは、可能ならINTELかNECのUSBコントロールチップ採用のUSBカードを積んで、そちらで試してみるのも一興です。私もメイン機は古いVIAで、繋がらないUSBデバイスがあったので、NECチップのUSBカードを追加しました。
PCIのUSBカード側に接続すると、万事好調です。
補足
音楽ファイルなら数秒で 転送できますし、 PIOモードにはなっておりません。 ちゃんとATA100で動いております。