交通費が別途支給されていれば、労働者ごとの通勤方法や距離により法律で決められた非課税範囲以内で非課税となります。ですが、通勤費別途支給ではなく込みでの総額支給なら非課税部分はない場合もあります。
http://www.taxanswer.nta.go.jp/2585.htm
http://www.taxanswer.nta.go.jp/2582.htm
人を雇い入れるときは明示的労働条件を文書で労働者に通告しなければなりませんがその中に賃金に関する事項も含まれます。（労基法１５条）
http://www.houko.com/00/01/S22/049.HTM
通勤手当は雇用者から見れば実費弁済の性格の強い出費です。それを超える部分に関しては実質的賃金と見なされ、労働各法が定める賃金の基準とされることになります。たとえば１キロの合理的距離を歩いて通う労働者に基本給15万、通勤費５万などと労働契約を結んでも、実質的に通勤費はかからないため合計の２０万円が基本給とされ、労働基準法が定める休業補償や時間外賃金などはこの基準をもとに計算されることになります。
税法ではどのように考えるかというと、例えば３キロの合理的通勤距離を自家用車で通う労働者の場合、前述の１番目のサイトより4,100円が非課税通勤費の範囲と分かります。労働契約により6,000円の通勤手当が支給されていれば、決められた4,100円の部分が旅費交通費など経費科目を別としその部分は労働者から見ると非課税となり残りの1,900円は給料賃金と同じあつかいをし、源泉税の課税範囲に入ります。この場合労働契約上3,000円を通勤費とするとこれを超えて非課税とすることはできません。
労働法による雇用関係の視点が税法より優先しますので、もし現在通勤手当が別途支給されていなければ、さかのぼって過去の給料の一部を非課税とすることはできません。現時点より将来の労働契約を見直すことにより、通勤手当を別途支給とすればこのさきの通勤費（の一部）を非課税とすることはできます。
実際は労働基準法をすべての職場で守っているわけではなく文書による労働契約の内容の通知もない場合がありますし、給料明細がなければ雇われる側には通勤費としての別途支給かどうかの認識はないと思われますが、給料の計算をされている社内のご担当にお尋ねになると分かると思います。
