bioperlのプロキシ設定

質問

カテゴリ違いかもしれませんが・・・お願い致します。
大学内LAN環境でwindows2000/sp4にactiveperl v5.8.4をインストールして使おうとしています。

windows上でプロキシの環境変数を設定し、PPMでbioperl v1.2.2をインストールすることはできたのですが、bptutorial.pl等のデモスクリプトで、データベースアクセスができませんでした。("500"エラーが出ました。)

事前に自分の家での環境でインストールした際(プロキシなし)には動作確認ができています。
自分が調べた限りではLWPやWebDBseqIといったモジュールの記述に、プロキシ関連のものを見つけることができたのですが、どれか一つを設定すればよいのか、それとも個々のモジュールを呼び出す際すべてに設定するのか、またはPPMの時のように別に設定する必要があるのか？？見当がつかない状況です。
どなたか、プロキシ環境でのbioperlの使用方法を教えて頂けないでしょうか？よろしくお願い致します。

回答No.2

k_o_r_o_c_h_a_n · ベストアンサー

＞HTTP_proxy環境変数と設定すればＯＫかと思います。

これについて確認されましたか？
set HTTP_proxy=http://大学のプロキシ:8080

LWPが使われるなら、スクリプトの改造をしなくても、
内部で環境変数を読み出してくれると思うのですが．．

お礼

またしても、ありがとうございます。
環境変数の設定はPPMインストーラを使用する際に済ませてありまして、perlでも自動的にプロキシ設定を読み出してくれる・・と期待していたのですが違っていたようです。
しかしながら引き続き試行錯誤した結果、なんとかDBアクセスをすることができました。「$httpproxy=～～」の部分の構文を誤って解釈していたことと、$gbと$dbの２つのオブジェクトが混在していたことが原因のようです。macperlでの挫折や費やした時間を思い出すと涙ぐみそうになりますが、k_o_r_o_c_h_a_nさんのおかげで何とかここまでたどり着けました。ありがとうございました。

回答No.1

k_o_r_o_c_h_a_n

bioperlを使ったこと無いので、何ですが．．．

bioperlは、LWPを下層に使っているので、PPMと同じように
HTTP_proxy環境変数と設定すればＯＫかと思います。

お礼

質問への回答ありがとうございます。
回答を頂いてからLWPに関して調べて、テストスクリプトに改良を加えてみたのですが、同様のエラーが出てしまいました。
いろいろ調べているうちに質問の中のWebDBSeqIモジュールの中で、プロキシ設定値をLWPに渡している記述があることに気づき、今度はこっちのモジュールの設定をしてみたのですが、構文エラー「can't call method proxy--」が出てしまい行き詰まってしまいました・・・.もしよかったら、またアドバイスを頂けないでしょうか？

補足

【テストスクリプト2】
use Bio::DB::GenBank;
use Bio::DB::WebDBSeqI;

$gb = new Bio::DB::GenBank;
$httpproxy = $db->proxy(['http'],'http://大学のプロキシ:8080');

$seq = $gb->get_Seq_by_id('MUSIGHBA1');
print $seq;

【WebDBSeqIのpodテキスト】

Title : proxy
Usage : $httpproxy = $db->proxy('http') or
$db->proxy(['http','ftp'], 'http://myproxy' )

Function: Get/Set a proxy for use of proxy
Returns : a string indicating the proxy
Args :
$protocol:an array ref of the protocol(s) to set/get
$proxyurl:url of the proxy to use for the specified protocol
$username:username (if proxy requires authentication)
$password:password (if proxy requires authentication)