こんばんは。
千葉に住んでいたため、都内の病院は良く知らないのですが、考え方のひとつとして参考にしてください。
以前勤めていた病院でも人間ドックをしていました。そこでの料金設定は保険点数を基にしていました。ですから、検査方法によっても料金は変わってきます。レントゲンは直接撮影なのか間接撮影なのか。もしも異常があったときに、すぐに精密検査などしてもらえるのか、その場合保険診療にしてもらえるのか(本来異常があっても検査は保険診療が当たり前ですけど)。
内容的に同じものならば安い方が良いですよね。質問者様が会社にお勤めならば、会社の補助が受けられるのか、そうでなければ今は自治体でも人間ドックの助成をしているとことがあるので、確認するのもひとつの手ですよね。
ただし、人間ドックなどの健康診断は病院の「サービス色」も強いものですから、そのサービス部分も考慮してはどうでしょう?
例えば、問診の担当医師や看護師、受付等の事務員の評判、検査技師や検査担当医師の検査の上手い下手もあります。
検査にかかる時間もあるでしょうし、私のいた所では健診終了後に食事が出てました。その食事はわりと評判が良かったみたいです。
なんにしても、電話での問い合わせにきちんと答えられるスタッフがいる病院が「第一関門突破」というところだと思います。