先日、良く似た質問があったので（OS 、XP ですよね？）そちらの URL を貼っておきます。
空けておくべき容量は、OS によっても多少前後はしますが、基本的には普段の作業内容に因りますよ。DVD イメージなど、比較的容量の大きなファイルを扱う場合には簡単に 10GB 位無くなっちゃいますからね。取り敢えず、アップデートやデフラグなどに支障が出ないくらいは空けておくべきです（目安として 1 割程度…かな）。
あと冷却ファンに関しては、皆さんご指摘の通り直接は関係無いと思いますよ。CPU ファンのことを指してるなら、基本的には HDD の動作は関係無いと思います。
ただ、稀なケースとして「内部の風通しが悪く熱がこもり易い」場合は HDD の発熱が間接的に影響する…可能性はあります。普通はそうそう影響を来しはしませんが（自作だと組み立て時に何となく解りますけど）、一応可能性だけ。最近のマシンはそんなに影響するような事は無いと思いますけどね…。
No.2 さんのご指摘のように、ホコリを（エアダスターとかで）掃除すると良いです。デスクトップやタワー型ならできれば、ケースを空けて内部のホコリもチェックしてみるとなお良いでしょう。
HDD は、使用領域が大きくなってくるとフラグメンテーションも発生し易くなります。『ディスククリーンアップ』と『デフラグ』はメンテのつもりで時々行なっておくと良いですよ。理論上は HDD の寿命を延ばす…かも知れないので（あくまで“理論上”です。包丁を研ぐのと一緒で、研がなくても研ぎ過ぎてもマズい…）。
＃OS 標準のデフラグはハッキリ云って遅いですケドね…。『Diskeeper Lite』が無料公開されてた頃は良かった。今は頑張って探すか、おとなしく製品ソフト（『Norton SystemWorks』とか？）を使うかですね。
