MOの保存容量は規格が色々あって
128/230/540/640/1300/2300MB
ぐらいまであります。
但しそれぞれドライブの規格も違うので別々に必要。
ギガ対応MOドライブはMBタイプのMOにも対応しているようですが。
またMOドライブ自体がそんなに流通していないので、気軽に渡すメディアとしては使いにくいです。メディア・ハード共に費用も高額です。
メリットとしてはそれ自体が保護ケースに包まれているので埃や傷が付きにくいというのがあります。またFDと同じ感覚で扱えるので上書きなどでの頻繁な書き換えがしやすいというのもあります。
CDの場合も微妙な規格違いがあって
640/700/800MB
ぐらいまであります。
よっぽど古いドライブでしたら800MBのは読み込みできないというのもありますが、基本的にはどれでも対応しているようです。
またCDドライブはどのパソコンにもついていますので、気軽にどのPCでも読み込みできるというのが大きな利点です。メディア単価も1枚あたり数十円程度ですので使い捨て感覚で消費できるというのも大きいです。RWなどでしたら書き換えも対応はしていますが、フォーマットしたりの手間のことを考えたら使い捨てで十分だと思います。
デメリットとしてはMOに比べたら信頼性が低いということになります(メディアそれ自体が劣化しやすいという意味ではなく、むき出しのために取り扱いに注意が必要ということです。劣悪な環境に置くのであればMOでもデータは飛びますし、MOが50年も持つと言われる環境にCDも保存するのであれば同様に持ちます)。
お勧めとしては既にMOドライブなどを所有しているのであればMOも考慮に入れていいでしょうが、一から揃えるのであればCDで十分でしょう。CDだったら揃えるまでもなく最初から備わっているでしょうし。信頼性の低さは量で勝負ですw
容量的な問題がある(G単位のファイルがあるとか)のであればDVDを考えた方がよいでしょう。