skonchoさんの回答でほぼ間違いないですね。
では補足程度に。
目的地（終着駅）はskonchoさんの回答の通り惑星メーテルですが、
鉄郎がもっているバスでは、地球⇔アンドロメダ となってます。
（惑星メーテルは機械化母星とも呼ばれてます。）
また、「さよなら銀河鉄道９９９」の終着駅は惑星大アンドロメダで、
この辺が、kotokoさんの記憶がごっちゃになっている原因では。
「てつろうが小さい時、戦争で機械の体の敵に、両親を殺された」
父親はそうですが、母親は人間狩りにあって殺されました。
仇の名前は機械伯爵で、機械化人間の英雄だそうです。
ちなみに、メーテルの母である女王の名前はプロメシュームで、機械化帝国？を作り出しました。
女王プロメシュームは惑星メーテルで一度死んだのですが、それでも機械化人間の世界は
衰えず、再び９９９に乗った鉄郎がメーテルと再会し、惑星大アンドロメダで
プロメシュームの実体が生きていることを知り、倒す、というのが「さよなら～」の
おおよそのストーリーです。
なお、メガロポリスは出発地であるの地球の都市の名前です。
