あえて、現行のLinux系OSをホストOSとして導入して
仮想マシン上でVistaを使うという手もありますし
ウェブを利用するなら、VistaよりもLinux系OSのほうが
随時セキュリティアップデートを受けられる分は安全ですし
最新のFirefoxやChromeが付ける分、有利とも言えます。
あえてVistaを素でインストールすることについて
解決方法が思い当たらなわけではありませんが…
Vistaのインストールディスクを持っている人は少ないはずで
たぶんインストールディスクであれば、Vista発売当時の構成で
2006年当時のままです。
2TBのHDDは2009年に発売されているので
この組み合わせに問題がある不具合がある可能性はあります。
DellなどがSP1適用済みインストールディスクを添付したあるでしょうし
2009年のSP2も適用されていれば、2TBのHDDについては
問題は起きないと考えられますが…
Vistaユーザー、特にパソコンに詳しいがVistaユーザーには少ないので
このへんの、まとまった検証記事は見つからないかもしれません。
ただ、一般的に言われる2TBの壁は、正確には2TiBの壁で
不具合としてしか2TBのHDDでは問題は起きません。
(Vistaは不具合では無く、仕様として2TiB以上のHDDに対応できません)
コンピューター技術は1024で計算する場合がありますが、これは基本原理が
二進数に由来するためで、大昔は、1000の近似値として
1024で割ってKBやMBというSI接頭辞を使っていました。
しかしGBやTBになると、この誤差は無視できないものになり
二進接頭辞が承認されたのが1998年のことです。
(Windows98には…たぶんMeや2000も二進接頭辞は間に合いませんでした)
ともかく容量の壁は、1024の倍数で発生しますから、二進接頭辞の2TiB
2*1024*1024*1024*1024/1000/1000/1000/1000=2.1990
SI接頭辞で表現するとおよそ2.2TBがMBRの上限になります。
ほとんどのWindowsユーザーは
SI接頭辞を実質的に誤用しているWindowsの仕様から
この関係を正確に把握できませんから
Vistaの外付けHDDとしてなら2TBはMBRで使えるのに
「2TB以上のHDDはGPTにしなければならない」と言い出したパソコン博士がいて
GPTの外付けHDDを
そのまま起動用ディスクにしようとしたら
GPTの管理情報を扱えないVistaが
容量を正確に認識できなくなった…
という話なんじゃないかと思います。
ただ、XP機(Panasonic CF-T1のXP SP1リカバリー直後)を引っ張り出してきて
試してみると、GPTであること自体を認識します。
Xubuntuで100GBと1000GBのパーティションを作成した2TB(1.82TiB)のHDDを
diskpartで見ると1863GBの単一のパーティション(ボリューム)に見えていて
パーティション情報は読み取れていません。
ですから、41GBという情報が、どこから出てくるのかはわかりませんし
ほかの要因が原因なのかもしれません。
ともかく、私なら容量をおかしく認識している場合は
パーティションテーブル自体を抹消するところから試します。
たとえば、ddコマンドで
dd if=/dev/zero of=/dev/sdz bs=512 count=1
とやれば、/dev/sdzとして認識されているストレージデバイスの
先頭領域512bytes(MBRのパーティションテーブルとブートローダー)を
ゼロで上書きして、抹消することができます。
LinuxベースのGpartedライブCDなどを使って
GPTの管理情報を消して、MBRの管理情報を上書きすれば済むかもしれません。
でも、現行のLinux系OSなら、GPTでも普通に認識して起動用に使えるので
Linux系OS入れて、仮想マシンでVistaを動かすほうが簡単な場合もありえます。