Linux系OSはオープンソースソフトウェアを中心に構成されているため
さまざまなOSSが、リポジトリーと呼ばれる倉庫となるサーバーに収録していて
OSSで無いものも、無償配布されているものについては
リポジトリーにある、自動ダウンロード/インストールのスクリプトを介して
リポジトリーに収録されているソフトと同等に、管理が簡便になっている場合があります。
ただ、そういった事情を、充分に理解していない人は少なからずいますし
Linuxを使っている人でも、全貌を理解している人は限られます。
私も、Ubuntu系以外の状況は、把握する必然性もないので
ろくに理解していませんが…
まず第一にaptコマンドは、Linux系OSの中でも
初期に成立したDebian GNU/Linuxや、そこから派生してきた
Ubuntuなどを中心に利用されているソフトウェアです。
aptと比較されるソフトウェアとしては、YUM,DNFがありますし
PacmanやPortage、それにFreeBSDのPortsなども比較されることがありますが
それぞれの違いはさまざまありますから
OSを、できればバージョンも明確にしていなければ
具体的なアドバイスができない場合があります。
aptコマンドがあるなら、最近のDebian系ということになりますが
少し前まで、aptという枠組みの中に
aptというコマンドはありませんでした。
また、世代が違えば、同じソフトウェアでも
パッケージ名が変わっている場合があります。
aptコマンドがあるなら、apt search virtulaboxを試しましょう。
GUI上のgnome-softwareやsynapticなどで探してもいいのですが
コマンドで済ませるなら、まずapt searchは習得が必須です。
16.04LTSであれば、こういう感じの結果が出てきます。
〉virtualbox/xenial-updates,now 5.0.40-dfsg-0ubuntu1.16.04.2 amd64 [インストール済み]
〉 x86 仮想化ソリューション - 基本バイナリ
ですから、apt install virtuaboxで済みます。
ただし、バージョンは5.0になっています。
公式サイトの最新版は5.2になっていますが
Linux系OSのリポジトリーは、動作確認を終えたバージョンを
OSのバージョンが変わるまで維持するようになっている場合があり
DebianやUbuntuでは、基本そうなっています。
(GentooやArchではそうではありません)
Ubuntu系ではFirefoxのように、例外的に最新バージョンになるものがありますが
VirtualBoxの場合は、最新版を追いかけないようになっているようです。
ただ、最新版にこだわる必要がなければ、バグ修正やセキュリティ修正は
OSSの性質を活かして、採用バージョンにも適用されるので
リポジトリーにあるものを、気にしないで使っていて構いません。