iPhoneを復元するとアプリが初期化されてしまう
iPhoneをiTunesで復元し、新しいiPhoneとして設定（”バックアップから復元”ではない）しました。
そして、再度iTunesと繋ぎ
デバイス→iPhone→Appタブ
でAppを同期にチェックを入れ、同期を取ると、iPhoneに転送されたアプリのデータがすべて初期化されてしまうのです。
アプリのデータが初期化とは、アプリ内での設定や、ゲームアプリであればセーブデータ等々、が初めてアプリをDLした時のように、全アプリ初期化されてしまいます。
これを復元する前のアプリデータが残ったまま、iPhoneの復元をしたいというのが、今回の質問の内容です。
アプリによっては個別にCSVデータで保存できますが、こういった物に対応していないのがほとんどなので、みなさんのお知恵をお貸し下さい。
遅れましたが、経緯を説明しますと、
iPhoneを３年程使っていまして、細かいバグ（電池残量表示をオンにしているのに表示されない、Bluetoothのバグ、GPSのバグ等）が発生し、windowsで言う再インストールがしたいと考えました。
それまでに、ネットワーク設定のリセット、すべての設定をリセット、バックアップから復元（”新しいiPhoneとして設定”ではない）を行いましたが、症状は改善されませんでした。
そこで最終手段の復元（”新しいiPhoneとして設定”）を行いました。
しかし、上記のアプリが初期化される問題が出たので、
現在は新しいiPhoneとして設定する前にバックアップしたものから復元している状態（細かいバグはあるが、アプリデータは残っている）です。
重複しますが、細かいバグを解消してアプリデータは残る状態にしたいのです。
私の考えでは、iTunesとiPhoneの同期を取ると、アプリのデータも一緒にiTunesに保存されると思っていたのですが、違うのでしょうか？ただやり方が違っているのでしょうか？
よろしくお願いいたします。
