imageJの使い方

質問

質問です。初めて画像フリーソフトのimageJを使っています。Green Fluorescent proteinを、定量化してみようということになり、これを使うことになりました。強度（intensity）を測定して、画像同士で比べるということをしたいのですが、さっぱりわかりません。背景は一応黒です。日本語の説明書もサイトで見つけて、読みましたし、あと似たような質問がサイトでありましたのでそれも見ましたが、いまいちわかりません。理論も知らなくてはいけないとは思いますが、とりあえずやり方だけ1から教えていただけると、本当に助かります。こちらから何の情報をここに書けばいいのかもわかりませんので何なりと言って下さい。よろしくお願いします。

回答No.2

neKo_deux · ベストアンサー

> この方法では、緑以外のものも読んでしまうとかはないんですか？

この方法は、全画素の明度を平均します。
背景の画素も０とみなして平均の計算に使います。

緑のみ対象に処理する場合も、ImageJだと一旦グレースケールに変換するような事になるハズ。
例えば、開いた画像を、
Image > Color > Split Channels
でr, g, bの３つの画像に分割し、緑に対して処理とか。

白すぎる部分を除外した画像の強度、明度を計算するなら、
Image > Adjust > Threshold
で、
Dark backgroundにチェック
１本目の下限値と、２本目の上限値を指定するスライダーで処理対象の範囲を指定
すると、処理したい箇所だけが赤くなります。

Analyze > Analyze Particles
で、処理対象の赤いブロックの数とか面積、重みなんかが解析されます。

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> こちらから何の情報をここに書けばいいのかもわかりませんので

こちらも、質問者さんが何をどうしたいのかがちょっと分かりません。
ネットにある似た画像、

Green Fluorescent protein - Google 検索
https://www.google.co.jp/search?q=Green+Fluorescent+protein&num=100&source=lnms&tbm=isch&sa=X&ei=0yP_U-cgyNugBMvEguAG&ved=0CAgQ_AUoAQ&biw=882&bih=606
Green Fluorescent Protein - Course NEUR 0193: Great Controversies in Neurobiology - Brown University Wiki
https://wiki.brown.edu/confluence/display/BN0193S04/Green+Fluorescent+Protein

なんかを提示して、
・下の方のクラゲの画像で緑の部分の強度、明度の平均を解析したい。
・画像の下の方に白文字が入ってるが、これを上の平均から除外したい。
・クラゲの画像ならトリミングしたら簡単だが、実際の画像は対象に文字がかぶさってるので色の処理で対処したい。

とかって具体的な話する方が良いと思います。

お礼

素晴らしい回答ありがとうございます。僕自身もわかってないことが多いので、質問があいまいすぎてすみませんでした。とりあえず、画面は黒と緑だけなはずなのですが、（顕微鏡の電源をoffしてGFPのみをみてますので）目には見えない外からの光とかが入るのかな～なんて思いまして、この補足をしました。また、さらに詳しく書かせてもらうと、僕が調べているのは顕微鏡でのスライドの写真であり、文字などはなく、この中の緑色の部分の強さ（平均でもいいと思います）を数値化することで、いろんなスライドと比較して、どれがどれだけより発光しているかということを測りたいのです。（これもあいまいですかね～）
ただ、今すぐは仕事場でないのでできませんが、neKoさんのおっしゃるように、
「Image > Color > Split Channels
でr, g, bの３つの画像に分割し、緑に対して処理とか。」
の方法でやってみようと思います。本当にありがとうございました。

回答No.1

neKo_deux

> 強度（intensity）を測定して、
> 背景は一応黒です。

画素の明るさの平均値なら、画像を開いて、
メニューのAnalyze > Measure
で表示されます。

Resultsウィンドウには解析した結果が逐次表示されますから、それで定量化して強度を比較したって事になると思いますが。

補足

早速の解答、本当に本当にありがたいです。ただ聞きたいのですが、この方法では、緑以外のものも読んでしまうとかはないんですか？というのは以前の質問に、ＲＧＢ画像なら・・・ってことが書いてあったので。重ね重ねよろしくお願いします