質問の意図を取り違えていたらすみません。
>OSを2003serverにするか、2000serverにするかで
>検討しています。
>2003にした場合、以下のソフトウェアは
>問題なく、稼動しますでしょうか？
>全て、オフィス2000のCD-ROMでインストール
>したいです。
これは、サーバにMS Officeのアプリケーションをインストールして使いたいということでしょうか？
そうすると、動作するかどうか以前にあまりお勧めできないことになります。
サーバは各クライアント（端末として使うPC）の各種設定や資源（データなど）を一元管理する目的のものですので、通常サーバでデータ処理をすることはありません。
サーバは安定稼動することが大切ですので、（サーバの機能として必要なもの…ウィルスチェックやWebのフィルタリングなど…はインストールする場合が出てきますが）余計なアプリケーションはインストールしない方が賢明です。
サーバにネットワークで接続されたクライアントにOfficeなどのアプリケーションはインストールし、共有したデータをサーバから受け取って処理することになります。
ですので、クライアントのOSは
Windows 2000 Professional
Windows XP Professional （Home Editionでも可だがドメインでのユーザ管理ができない）
でクライアントにOffice 2000をインストールする分には問題なく使用可能です。
サーバは、2000でも2003でも ファイルサーバとして十分な機能を持っています。
ただ、サポート期間を考えるとWindows 2000 Serverは2005年3月31日でメインストリームサポートが終了し、2007年3月までの延長サポートに入りますので、長く使うなら
（サーバはクライアントほど頻繁に買い換えるものではないので）Windows 2003 Serverの方がよいかと思います。
クライアントも同様に考えるならXPがよいのではないでしょうか。
参考までに…。
