コマンドプロンプトとバッチの組み合わせではありませんが、
Windows Registry Editor Version 5.00
で書き始めて以下に書き換えの内容を書いて
拡張子をregで保存すればOKです。
一例です。
(------の間をテキストエディタで書いて、拡張子をregで保存)
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Windows Registry Editor Version 5.00
[HKEY_LOCAL_MACHINE\SOFTWARE\Microsoft\Windows NT\CurrentVersion\FontLink\SystemLink]
"MS Sans Serif"="MSGOTHIC.TTC,MS PGothic"
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といった要領です。
※書き換え・追加する内容は、複数OKです。