「お気に入りのファイル」がIEの「お気に入り」の中身のインターネットショートカットのことなら、
「ファイル名を指定して実行」で
Favorites
と入力してEnterキー押下で当該ユーザーの「お気に入り」フォルダが開きますので、
・一つを選択してCtrl+A
・Ctrlキーを押下しながら一つずつクリック
・並んでいるなら一番上を選択した後、Shiftキーを押下しながら一番下をクリック
などで複数が選択できます。
そのまま目的のフォルダに右クリックしたままの状態でドラッグ&ドロップするとか、Ctrl+Xで切り取ってCtrl+Vで貼り付ける…など、お好みの方法でどうぞ。
「お気に入りのファイル」が「気にいっている複数のファイル」という意味なら、気にいったファイルが保存されているフォルダを開き、あとは上記のように。
気にいっているファイルがいろいろなフォルダの中にあるのなら、Windowsエクスプローラの検索で、拡張子のみの検索をするなどの工夫をして検索結果にそれらのファイルがきちんと表示されるように検索した後で、あとは上記のように。