代理店で旅行の手配をしてもらうときに、マイレージカードも一緒に提示して加算手続きしてもらうのが、何も考えなくてよくて一番簡単だと思います。
なお、ツアー利用や格安航空券利用だと「マイルは貯められません」と断られることもあります。その場合は仕方がないです。マイルがつく代わりに価格ですでにお得になっているためです。
また、利用する航空会社が、お持ちのマイレージカードの航空会社とマイル加算提携していない場合も、貯められません。
マイルがつくツアーや航空券だと確実に分かっている場合は、出発空港のチェックインカウンターで手続きすることも可能です(添乗員がチェックイン手続きを代行するのでなく、自分でチェックインする場合)。マイレージカードを提示すればそのまま手続きしてくれるか、キオスク端末での操作方法を教えてもらえます。
また、旅行が終わった後に航空会社に連絡して「事後加算申請」ができる場合もあります。ただこの場合は、マイルがつく航空券だったかどうかを先に旅行代理店に確認しておく必要がありますし、使用した搭乗券の半券も一緒に送る必要があります。申請できる期間も、旅行の日から半年以内とか3ヶ月以内とか、航空会社によって制限があります。
お持ちのマイレージカードの航空会社名を補足いただくと、もっと具体的な回答を得られると思います。
お礼
とても参考になりました、ありがとうございました。