基本的に、MDはある一定の条件が整わないと常温ではデータの劣化はほぼないため、よほど湿気が多く、温度差が激しく、粗悪なメディアを使わない限りは問題はないです。また、埃などがディスクのカートリッジ内部に入らなければ、10年ぐらいは軽く持ちますよ。(まあ、保証はしません)
別にこれらの問題がなければ、横置きでも縦置きでも、専用ケースでもそのままバラで何か別の箱に入れておいても大丈夫です。
注意すべきは次の点。
高熱と磁気が同時にあたる場所には絶対に保管しない。
→データが消える恐れがあります。
寒暖の激しい場所、結露し易い場所には保存しない。
→ディスクの保護層が劣化しデータが読めなくなったり、カビが生えることがあります。
たいていディスクには一枚一枚に専用ディスクケースが付いた物が多いですので、必ず保管するときにはそのケースに入れておくこと。
→埃の混入を防ぎます。
むやみに、ディスクのカートリッジを開いて記録面を見ないこと。
→傷や埃の混入によるTCO書き込みエラーの原因になります。
安物メディアには気を付け、特に知らないメーカー製のメディアは買わないこと。
→書き込み精度が下がり、バーストエラー、ブロックエラーが多発しかなり早いうちにディスクが読めなくなることがある。
という具合です。
極端に悪い保存でなく、記録するディスクの質さえよければ、MDは本当に長持ちします。何故なら、これは磁界変調方式の書き込みであるため、CD-Rなどのように、色素の劣化などもありませんからね。読めなくなるのは、4つで
1.ディスク自体に物理的な破損や、当初から質に問題があった場合。
2.書き込み時や編集時にエラーが発生し、書き込みに失敗した場合にデータが全部消えた。
3.ディスクの保護層などの経年劣化によって読めなくなった場合
4.保管場所が明らかにおかしな場所(極端に保存に適さない)だった場合。(上に記載の通り)
これらの問題さえなければ、大丈夫です。