水木しげるさん自身が、妖怪の存在について語っておられるTV番組を見たことがあります。
水木さんは「妖怪がいると思って見ていると、見えるかもしれない。けれど、いないと思っている人には見えない」と言っておられました。
要するに、想像上のものだけれど、そういうものがいると思った方が面白いじゃない。というところではないでしょうか。
自然科学が発達していなかった昔は、例えば天気が急に変わっただけでも、人々は恐怖心を持ったのではないでしょうか。そんな時自分を安心させるために、妖怪の仕業だとか、きつねの仕業だとか、言い合ったのではないでしょうか。
ですからいると思うのも、いないと思うのも自由というところではないでしょうか。