他の方の回答とも重なりますが……
(1)企画の当初には確かに松本氏は関わっていませんが、
松本氏が関与してから、いわゆる「松本ロマン」なアイデアを
大量投入して、作品のムードがかなり変わったと聞いたことがあります。
(2)キャラもメカも「松本絵」。他の方も挙げている独特のキャラクター、
松本メーターや、翼端の長い突起(例えば「ダンガードA」の
コミックスなど見ると、全体はどう見ても松本メカでないサテライザー
ですら、翼端のあれで松本メカの仲間に見えます)
やはりアニメやコミックはビジュアルが与える印象はけっこう大きいですよ。
(3)「原作」と呼ばれるコミカライズの存在。
他の方の記述にもあったように、松本氏による(かなーりダイジェスト
な)コミック版が存在しました。当時、ホームビデオはほとんど
普及しておらず、一般の視聴者がアニメを追体験するには音声を
カセットテープに録音するか(庵野監督なんかやってたはず)、
コミック版に頼るしかありません。そこにアニメとほぼ同じ絵の
コミックがあればこりゃもう聖典もいいところですよ。
(ひお氏のコミカライズ版ではこうはいきません。ひお氏のも
面白いですけどね)
ちなみに石森章太郎&東映の「仮面ライダー」も、企画当初は
伊上勝氏の企画書がベースで石森氏が後からデザイン担当として
はいったはず。こちらのケースで石森氏が「原作」と普通に
クレジットされ、現在の新作に至るまで石森プロが関わることに
なったのを考えれば、「業界の慣習」で片付けてしまった方が
いいのかも……
補足
冒頭の裁判がどうのこうのという質問ではなくて、世間的にはどうしてヤマト=松本零士の作品なのかという質問です。 松本零士デザインのキャラなくしてヒットはありえなかったのも事実ですけど・・・