>何か原因となるものはありますでしょうか
メモリの増やし過ぎ。
XPの場合は
・カーネルメモリに最大2G(だけど、2G全部は使用しない)
・ユーザーメモリに最大2G
のメモリが割り当て出来ます。
ぶっちゃけ「2Gを超えるメモリは不要。2G超えてるとメモリの切り替えなどでパフォーマンスが低下する」んです。
512M*2のメモリを引っこ抜いて、1G*2のメモリだけでエンコードしてみましょう。多分、それで改善します。
それと、エンコードを良く行うなら「メモリよりもHDDの物理的な割り当て」が重要になります。
理想は、以下の各ファイルを物理的に別のディスクに配置しての作業です(物理的に同じディスクの別パーティションでは意味が無い。駄目)
・OSとアプリとスワップ領域(例えば、IDE1のマスター)
・エンコードする元ソースの動画(例えば、IDE1のスレーブ)
・エンコードした書き出し先の動画(例えば、IDE2のマスター)
・エンコード用作業ファイルのフォルダ(例えば、IDE2のスレーブ)
これが無理なら、最低限、
・エンコードする元ソースの動画(例えば、IDE1のスレーブ)
・エンコードした書き出し先の動画(例えば、IDE2のマスター)
の2つを「物理的に別のディスク」に割り当てましょう。
各ファイルの「物理的なディスクの割り当て」を最適にすると、ドライブ1つだけで作業した場合に比べ、半分以下の時間で、上手く行った場合は1/3くらいの時間でエンコードできます。
要は「読むディスクと、書くディスクを物理的に別にして、読み書きが同時に行えるようにする」のが重要なんです。
読むファイルと書くファイルが同じディスク(同じドライブだとか、同じディスクの違うパーティションだとか)の場合、読むのと書くのとが同時に行えず、しかも、ディスクの読み書きヘッドが、読む場所と書く場所を行ったり来たりするので、かなりパフォーマンスが落ちます。