まずは、姪御様のご結婚おめでとうございます。
補足程度にしかなりませんが、私でわかる範囲書かせていただきます。
婚姻届の受理については、夫婦になる方々と成人証人2名の署名、捺印が一つでも漏れていると受理はできなくなります。
謄本の添付が遅れてしまっても受理が可能かどうかは、もう横浜市の区役所に電話確認されるのが一番確実です。
それから、本籍地の確認ですが、姪御様が運転免許をお持ちならそこに記載されています。(既にご存知でしたらごめんなさい)なければ、姪御様の住民票を取得されるとき本籍記載のものを希望すればわかります。
本籍がわかりましたら、郵送での請求も可能です。
・「郵送による戸籍請求書」なんて名前の用紙が多くの市町村のホームページからダウンロード可能ですので、それを一通り記入したもの
・手数料450円分(住民票と違い手数料は全国一緒です)の定額小為替(郵便局で売っています)
・申請者の保険証等のコピー1枚
・80円切手を貼って宛名を書いた返信用封筒
・・・この4点を本籍地の市町村へ送れば大丈夫です。
ちなみに、住民票や戸籍の請求は姪御様かそのご両親に申請していただいた方がスムーズです。
姪御様も体調第一の中大変かとは思いますが、ご希望日に婚姻届が提出できるといいですね。(ご承知かと思いますが、受付の時間も注目です・・・深夜0時00分の前後で1日ずれてしまいますので・・・)