私の場合は電動ドリルで石用の刃をつけて穴を開けています。
ドリルの刃は径数が色々揃っています。
開けたい穴の大きさの径を選ぶ、もしくは細い径で数回に渡り穴を広げます。
ただし、一発で開けたほうが割れ、ヒビの危険性も少なくきれいに仕上がります。
新聞やエアパッキンなどクッション材になるものを敷いて、
そのうえに鉢を伏せて置きます。(鉢底が上の状態です。)
ドリルのすべりを良くするため、鉢底を水で濡らします。
削り始めはチョンチョンと軽く何度かに分けて刃を当てます。
そうすると浅い穴が出来、滑って場所がずれません。
後は、水を足しながら垂直に力を入れます。
小さな物では力を入れすぎると割れることがあるので、
体重をかけるのではなく、腕の力のみで開ける感覚が良いです。
削れた粉が舞うこともあるので、外での作業をお勧めします。
陶器の素材によっては硬くてなかなか開かないものもありますが、
大抵のものは2~3分で開きます。
そして、素材によっては割れることもごくごく稀にあります。
ですので、完璧な方法ではありません。
よほど大切なものでしたら、穴を開けずにセラミスやハイドロカルチャーなどの用土を使い植物を育てる方法もあります。
(この場合、原則として室内園芸限定になります。
経験上、雨に当たらない場所なら室外でも大丈夫だと思いますが。)
又は、園芸店や陶器を扱う専門店などで相談して開けてもらうことも
お店によっては可能だと思われます。
私の職場では他店で購入したものでも、作業代を頂いて穴を開けます。
ただし、その際割れない保障はないということも必ずお伝えします。