>拡張子を書き換えるだけではだめなんでしょうか？
ダメです。ただ拡張子が変わるだけで元の動画がaviなのに対し拡張子がflvであるというだけの代物になります。
その他、画像や音声でも同じコトです。
ニコニコ動画wikiに行けば他の方法も書いてありますし、それとは別にまた別の方法もあるかもしれませんが一応。
ニコニコ動画wikiなどから抜粋
1.vp6でエンコードする際、上下反転をしておく。
（※FLVにする際、映像が上下反転してしまう対策）
2.音声は、オーディオ圧縮音声が44.100kHzになっていることを確認する。
それ以外だと不具合が出ることがあります。
以下の文章をメモ帳に貼り付けて、拡張子は「.bat」とする。
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@echo off
cd /d %~dp0
if "%~2" == "" goto error
set ONSEI="%~2"
set EIZOU="%~1"
if /i %~x1 == .avi goto encord
if /i %~x1 == .flv goto encord
if /i %~x2 == .avi goto reverse
if /i %~x2 == .flv goto reverse
goto error
:reverse
set ONSEI="%~1"
set EIZOU="%~2"
:encord
ffmpeg -y -i %ONSEI% -i %EIZOU% -acodec copy -vcodec copy gouseifile.flv
goto exit
:error
echo ※※※映像ファイルと音声ファイルを２つ一緒にドラッグ＆ドロップしてください※※※
:exit
pause
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そのデータに、エンコードした動画と音声2つ一緒にドラック＆ドロップする。
