飛行機代を安くと考えるときの基本は、航空会社を全て同じにする事です。
飛行機は、基本的には自国から目的地に飛んだ後は、自国に戻らなければなりません。(例外は有りますが、経由国から、権利を得なければなりません）
ご質問のルートは、日本→タイ→インドネシア→日本 ですから、このままのダイレクトのルートでは同じ航空会社は使えませんよね。
日本→タイ→インドネシア→タイ→日本 とするのが一番素直な例です。候補をこれだけに絞ってしまうと、高いの安いのもなくなってしまいますので、
経由地を別(たとえば、マレーシア）に設けてみますと、
日本→マレーシア→タイ→マレーシア→インドネシア→マレシーア→日本と言うルートになります。
これで、タイ航空に加えてマレーシア航空も候補になります。
同様に、シンガポールとかベトナムとか近隣の国を経由地に入れていけば、ルートが何通りか出てきます。
この後、それぞれの会社のHPで時刻表を見に行って、自分で作ったルートが上手く乗り継げるか、の確認です。
オンライン予約と言う機能を使えれば、周遊旅行を選択して、ルートを順番に（経由地は入れる必要はありません）いれていけば、乗り継ぎ便も勝手に検索してくれますし、料金も出てきます。
予約と言う項目になっていますが、名前とかクレジット番号とかの情報を入力する画面になった所で止めてしまえば、単なる検索機能として使えます。
