プラモ製作歴はかれこれ40年近くになる中年モデラーです。
ハセガワ1/48の紫電改の凸モールドと書かれている事から、ハセガワの旧キットと推測します。（私も完成させています。）新キットは凹モールドになっていますし、値段もやや高目です。
合わせ目の処理に溶きパテは不向きです。かと言って、普通のラッカーパテもあまりお薦め出来ません。（乾燥する事で、かなり肉痩せします。）
パテにはラッカーパテ、エポキシパテ、ポリパテなど色んな種類があります。合わせ目の処理にはポリパテがヒケが少なくてお薦めかと思いますが、食い付きが悪いので、パテを盛る部分を400番程度のサンペで荒らしておくのがポイントです。ただ、これでもサンペ掛け中にポロリなんて事も発生しますので、瞬間接着剤を混ぜたり、小さな隙間なら直接瞬間接着剤をパテ代わりに合わせ目に流し込んで使う事もあります。
紫電改の胴体合わせ目処理には瞬間接着剤をやや多めに流し込み、あとでサンペ掛けするのが手っ取り早いと思います。400番⇒600番⇒1000番程度で仕上げれば充分でしょう。
サンペ掛けすることで、当然凸モールドは消えてしまいますが、これはサンペ掛けの宿命ですので、素直に諦めるか、再生するかは本人次第となります。（合わせ目が目立つよりは完成度は高くなります。）で、再生方法ですが、伸ばしランナー（ランナーを火で炙り、柔らかくなった物を左右に引っ張る事で出来ます。）を消えてしまったモールド部分に接着（流し込みタイプの接着剤を使用）し再生する事が出来ます。もう一つの手段は、モールドを全て凹モールドに彫り直す方法です。これはかなりのテクニックと時間を要しますので、ある程度の経験が必要になると思います。
プラモ製作は数をこなして行くうちに徐々にうまくなって行くものです。最初から中々思い通りに行くものではありませんが、是非、これからも模型製作を続けて行って下さい。プラモ＝ガンプラと考えている輩が多い中、こう言うスケール物にチャレンジしている質問者さんを見ると嬉しくなります。
もし、まだ分からない点などがあれば、補足して下さい。少しでも模型作りのお役に立てれば、私も嬉しく思います。
お礼
回答ありがとうございます。詳しい回答でとても参考になりました。溶きパテじゃ駄目なんですね。次回からは、瞬間接着剤を使ってみます！ ほんとありがとうございました！