お尋ねの症状の解決策は分かりませんので、回答にはなりませんが、フォントの数やファイルサイズの合計はさほど関係ないように思います。
まあ限界はあるでしょうが…。
私が今XP (SP1。Cドライブ40GB) にインストールしているフォントは529個、Fontsフォルダのサイズは1.43GBですが、別にどうということはありません。
(ストックはDドライブの倉庫に4.87GBあり、必要に応じてインストールしたりFontsフォルダから削除したりしています。)
CJK Unified Ideographs Extension B (Unicode:20000以降) に文字を登録したフォントを作成中 (未完) で、
ファイルサイズは現時点で23,823KBあります。
New Gulim (Ver. 3.10) の25,124KBよりは小さいですが、Vista用のMS明朝 (Ver. 5.00) の9,822KBはもちろん、A/J1-5準拠OpenTypeヒラギノ明朝Pro W3 (Ver. 7.11) の11,310KBなどを上回っています。
このフォントに1字でも新しい字を追加したときには、旧バージョンを削除、新バージョンをインストールしますが、インストールは瞬時に完了し、何の問題もなく処理できています。
なお、フォントのインストールはドラッグアンドドロップやコピーアンドペーストでFontsフォルダに放り込むのではなく、正規の手順で
ファイル>新しいフォントのインストール
([フォント フォルダにフォントをコピーする]にチェック)
で行うのがベストだと思います。
必要なデータをバックアップして、リカバリーされてはいかがでしょうか。
今回インストールしようとされたフォントファイルに問題があったのかも知れませんね。
補足
やはりOSの入れ替えしかないですかね~