一言で言うとスペックが違います。
例えばHDDだと容量は同じ80GBと表記されていても回転速度や転送速度が異なります。
こんな感じ
デスクトップは3.5インチの7200rpm、S-ATA2
ノートは2.5インチ5400rpm、ATA
CPUはクロックは同じでもノート用は低電圧版が多く使われています。
メモリもデスクトップ用とノート用では異なります。
Videoカードもノートには載ってないのが多いですし、載っていてもほとんどノート用に開発された低消費電力版です。
まれにデスクトップ用の部品を使って作られたノートが販売されますが、重いですし消費電力も大きくなります。
ノートは軽さと消費電力を抑えバッテリー駆動できることを前提にするので全てのパーツがデスクトップより性能が落ちると思ってください。
もし性能が同じならむしろデスクトップが不要になりますよね。