No.2です。
誤りが発覚しました。前記の方法では環境によってどうやら不具合が起こる可能性があるので、インストールフォルダの中にある設定保存フォルダー（\3GP_Converter034\3GP_Converter034\default_setting\）にTranscoding_PSP_Direct2.iniというファイルを作成して、メモ帳などで開きます。そして以下のように記述してください。
[Info]
Title=機種別設定：Fw3以上用MP4ファイル, PSP向け設定(直接出力)
TitleE=Model: MP4, for PSP3.00～ (Direct, renamed)
Description=PSP/CLIE PEG-VZ90で使われているMP4（AVC）形式に変換します。メモリースティックの\MP_ROOT\100ANV01\に出てきたファイル(.MP4, .THM)をそのままコピーしてください。ファイル名は適当なものに変更され出力されます。AVC設定はPSPファームウェアバージョン2.00以降専用です。
DescriptionE=for PSP/CLIE PEG-VZ90, MP4(AVC) format. Put your converted files to \MP_ROOT\100AVC01\ in the MemoryStick.
[Item0]
Title=Fw3.00以上対応 AVC QVGA/15fps/VBR QB30 ステレオ/48kbps
TitleE=ForFw3.00～ AVC QVGA/15fps/VBR QB30 Stereo/48kbps
Command0=""<%AppPath%>\cores\ffmpeg" -y -i "<%InputFile%>" -title "<%Title%>" -timestamp "<%TimeStamp%>" -bitexact -vcodec h264 -coder 1 -bufsize 128 -g 250 -s 320x240 -r 14.985 -qscale 30 -maxrate 1500 -acodec aac -ac 2 -ar 48000 -ab 24 -f psp "<%OutputPath%>MAQ<%RandomNumber5%>.MP4""
Command1=""<%AppPath%>\cores\ffmpeg" -y -i "<%InputFile%>" -f image2 -ss 5 -vframes 1 -s 160x120 -an "<%OutputPath%>MAQ<%RandomNumber5%>.THM""
[Item1]
Title=ワイドFw3.00以上対応 AVC QVGA/15fps/VBR QB30 ステレオ/48kbps
TitleE=WIDE ForFw3.00～ AVC QVGA/15fps/VBR QB30 Stereo/48kbps
Command0=""<%AppPath%>\cores\ffmpeg" -y -i "<%InputFile%>" -title "<%Title%>" -timestamp "<%TimeStamp%>" -bitexact -vcodec h264 -coder 1 -bufsize 128 -g 250 -s 368x208 -r 14.985 -qscale 30 -maxrate 1500 -acodec aac -ac 2 -ar 48000 -ab 24 -f psp "<%OutputPath%>MAQ<%RandomNumber5%>.MP4""
Command1=""<%AppPath%>\cores\ffmpeg" -y -i "<%InputFile%>" -f image2 -ss 5 -vframes 1 -s 160x120 -an "<%OutputPath%>MAQ<%RandomNumber5%>.THM""
[Item2]
Title=Fw3.00以上対応 AVC QVGA/30fps/VBR QB20 ステレオ/128kbps
TitleE=ForFw3.00～ AVC QVGA/30fps/VBR QB30 Stereo/128kbps
Command0=""<%AppPath%>\cores\ffmpeg" -y -i "<%InputFile%>" -title "<%Title%>" -timestamp "<%TimeStamp%>" -bitexact -vcodec h264 -coder 1 -bufsize 128 -g 250 -s 320x240 -r 29.97 -qscale 20 -maxrate 1500 -acodec aac -ac 2 -ar 48000 -ab 64 -f psp "<%OutputPath%>MAQ<%RandomNumber5%>.MP4""
Command1=""<%AppPath%>\cores\ffmpeg" -y -i "<%InputFile%>" -f image2 -ss 5 -vframes 1 -s 160x120 -an "<%OutputPath%>MAQ<%RandomNumber5%>.THM""
[Item3]
Title=ワイドFw3.00以上対応 AVC QVGA/30fps/VBR QB20 ステレオ/128kbps
TitleE=WIDE ForFw3.00～ AVC QVGA/30fps/VBR QB30 Stereo/128kbps
Command0=""<%AppPath%>\cores\ffmpeg" -y -i "<%InputFile%>" -title "<%Title%>" -timestamp "<%TimeStamp%>" -bitexact -vcodec h264 -coder 1 -bufsize 128 -g 250 -s 368x208 -r 29.97 -qscale 20 -maxrate 1500 -acodec aac -ac 2 -ar 48000 -ab 64 -f psp "<%OutputPath%>MAQ<%RandomNumber5%>.MP4""
Command1=""<%AppPath%>\cores\ffmpeg" -y -i "<%InputFile%>" -f image2 -ss 5 -vframes 1 -s 160x120 -an "<%OutputPath%>MAQ<%RandomNumber5%>.THM""
「変換君」設定ファイルセレクターで「Fw3以上用MP4ファイル, PSP向け設定(直接出力)」を選択できるようになっているので選択すると、新たな設定ファイルが開けるようになっているはずです。
長々とした説明になってすみませんでした。
