Previous and next in categoryを使っていないのであれなんですが、<$MTEntryPermalink$>はデフォルトでは個別エントリーへのリンクになるのではないかと思います。MTEntryPermalinkでリンクされるページを、コメントやTBを閉じた状態のものに、アーカイブマッピングとかカスタマイズとかされているのでしょうか?
もしそのようなカスタマイズをされていないデフォルトの個別エントリーテンプレートをお使いなら、コメント記入欄やTBが開いた状態で移動する(個別エントリーへのリンクになる)のが普通かと…。Previous and next in categoryは静的ページを自動的に生成するものでもないようですし。
コメントやTBが閉じた状態で見せたいなら、Previous and next in categoryより、ページ分割ブラグイン(MTPaginate)じゃないかなあとちょっと思ったもので…。
小粋空間: カテゴリーアーカイブと月別アーカイブのページ分割
http://www.koikikukan.com/archives/2004/07/31-021537.php
お礼
ありがとうございます。 参照ページを見ながらやってみたら出来ました!