きっと、データベース分割ウィザードでやってるんですよね?
このウィザードの実行結果は、テーブルを別のMDBファイルに移して、元のテーブルは全てリンクテーブルに変更するだけなので、ウィザードが正しく動かないのであれば、手作業が手っ取り早いかもしれません
(1)空のデータベースを作成する(新規MDBファイルを作成)
(2)空のデータベース上でリンクテーブルを作成する
(3)空のデータベース上でテーブル以外のオブジェクト(クエリ、フォーム、レポート、マクロ、モジュール)をインポートする
以上で分割完了です
エラーの原因ですが、もしかすると、アクセスのインストール時にリンクテーブルマネージャがインストールされてないから(標準インストールではインストールされない)エラーになるのかもしれませんね。
ファイル分割したあとは、パスの変更があった際にリンクテーブルマネージャでリンク先の変更をしないといけないので追加インストールしておくことをお勧めします
ただ、他の回答者さんのいうとおり、データ量やデータ共有の解決策にはならないかもしれません。
私は、データとアプリケーションを分けることで、アプリケーションにバグがあった場合に、修正後のアプリケーションを再配布時に上書きするだけで済むようにするために分割することが多いです