ガストから出ているアトリエシリーズでよろしいのか不安ですが……。
アトリエシリーズは今、
『マリーのアトリエ』（錬金術の学校を卒業することが目的）
『エリーのアトリエ』（錬金術の学校に入って立派な錬金術師になるのが目的）
『リリーのアトリエ（外伝的なヘルミーナとクルスというものが別ソフトであります）（またリリーのアトリエプラスという通常版と追加要素版も）』（錬金術の学校を建てることが目的）
『ユーディーのアトリエ』（未来に飛ばされた錬金術師が自分の世界に戻るのが目的）
『ヴィオラートのアトリエ』（錬金術で街を復興させるのが目的）
『イリスのアトリエ エターナルマナ』（RPG）
『イリスのアトリエ エターナルマナ２』（RPG）
『アルトネリコ』（近日発売）
と、なります。マリーとエリーは同梱版ソフトが先日PS2で発売されました。くくりを作るなら、マリーからリリーがザールブルグシリーズと呼ばれる、おそらく一番有名なものです。
ユーディー、ヴィオラートは上記３作で確立された錬金術システムを少し変化させた物です。正直シリーズ買いしている人にとって、あまり人気のある２作ではありません。やり甲斐があって面白いという人もいますが、この２作のうちならヴィオラートの方がいいかと思います。
イリスのアトリエ２作とアルトネリコは、錬金術システムを利用したRPGです。アトリエシリーズというよりアトリエシリーズにはいる、新シリーズといった感じでしょうか。『アトリエシリーズ』というものを買われるのでしたら、こちらはちょっと違うかもしれません。
わたしはエリー、リリー、ユーディー、ヴィオラート、エターナルマナをやっていますが、一番好きなのはリリーですね。というか、ザールブルグシリーズが好きです。ユーディーとヴィオラートはどうも肌に合わないというか……（ユーディーは物が腐りやすく、ヴィオラートは材料の資質でアイテムの資質が全く変わってしまう）
エターナルマナは、錬金術が前作までの位置付けと変わってしまっているので、また違うと思いました。
もし初めてアトリエシリーズをやられるなら、マリー＋エリーをお勧めします。マリーは始まりのソフトですし、ザールブルグシリーズは同じ街での話ですので（時期は違いますが）、シリーズ通して出てくるキャラクターもいますので。なによりキャラクターも魅力的ですよ。
拙い意見ですが、参考になれば嬉しいです。
