私ならということで書きますと、やはりPCIの方がいいと思います。USBは現在最高12Mbpsのスピードでして、USB2.0になっても最高480Mbpsです。一方PCIだと33MHzで32bitの転送能力ですから、USB2.0の倍以上のスピードが出る理屈になります。もちろんこれはただの理屈でして、PCIであるが故に、USBよりは勝るという保証はありませんが。
それと、PCIバスはCPUとかメモリにより近いところにあるので、処理が早いような印象があります。USBはサウスブリッジ接続ですのでその分処理が遠くなります。これも単なる印象であって、効率の悪いやり方をすればPCIでも遅くなってしまうことは十分考えられます。
私があつかったことあるのは、ATIのall-in-wonderのPCI版とPCIカードのNAVISという韓国製のハードウェアエンコード仕様のものですが、音がずれるというようなことは経験したことがありません。
私の使っているPCのマシンパワーもたいしたことはなくてP3-866、メモリは256M、マザーは815EP、OSはMEです。all-in-wonderに関してはワークエリアを置くハードディスクと、実際に記録するハードディスクをパーティションではなく、物理的にわけた方がいいと思います。
ソフトウェアエンコーダーの場合は、お使いになるPCのスペックが十分であることが前提ですが、やはりPCIのハードウェアエンコーダーのものがお勧めです。(十分なスペックというのは、P3の800MHzくらい、メモリは256M、HDは40Gくらいでしょうか。)
お礼
PCIのハードウェアエンコードのものが良さそうですね。 音楽物の編集ですのでほんの少しのズレでも困りますので。 参考になりました。ありがとうございます。