こんばんは。
結論から先に書きますね。
「気にする程のものではないと思います。」
一般的には、ダウンロード(配信)用の楽曲データは、様々なネット環境にある人々向けに行われるサービスなので、比較的小さなデータ量にしてあると思います。ダウンロード時間を短くする為にです。
CDからMDに録音磨る時にも、データの圧縮が行われています。でも、ほとんどその差って気にならないと思います。(聴き比べをした事もないし、私自身その必要性を感じないほど、十分な音質を得られていると感じています)
理屈の上では、厳密にいえば、元のデータ量よりも小さくしていれば、音の品質は落ちているのだと思うのですが、MDにしろ配信用データにしろ、その差は普通に聞く分には問題にならないと思います。
相当立派な再生環境で聞く場合や、オーディオマニア、音質マニアの方が聞き比べる場合には違うかもしれませんが、配信ならば(コピーフリーの場合をを書いています。)、再生環境として想定されているのはPC前、CD-Rでミニコンポ、CD-Rでカーオーディオ、iPodの様なポータブルオーディオ程度だと思います。これらの再生機器でその音質の違いが気になる、というのはあまりないのではないでしょうか。
圧縮方式(コーディング)も、mp3やwmaやatracなど様々ですが、どれも、原音をなるべく忠実に再現できるように工夫されています。
価格が一般の小売店よりも安く設定されているのは、流通経路が異なるからだと思います。配信であれば、おおざっぱに、権利者(レーベル)>サーバー屋さん(配信サイト)>ユーザーとなりますよね。一般小売では、権利者(レーベル)>卸業者(問屋さん)>小売店(CDショップ)>ユーザーとなりますね。段階も多いですし、在庫リスクもあるので、それなりのマージンが発生しているでしょう。だから最終的な価格は高くなってしまいます。対して、配信の場合には、在庫のリスクはないので、安価に提供出来る余地があります。
配信の場合は、一般的に、データが圧縮されているだろうという前提で書きましたが、圧縮せずに元のデータをそのまま配信する事も可能です。もちろんその場合には、CDと遜色とない音が再現可能になります。
配信だから音質が悪いというのではなく、圧縮の仕方・程度による、という事になりますね。