起動してるHDDをWindows上から抹消することは出来ません。
廃棄するつもりならHDDを取り出して金槌で壊せばよいですが、他人に譲るために抹消となると、HDD以外から起動する必要があります。
CDから起動できればCDから起動してフォーマットしてもよいですし、他のパソコンに「増設」という形で取り付けてフォーマットする。
デスクトップならスレーブとして増設ですし、ノートしか無ければ外付けのケースを買って入れるなど。
ただノートでちと古いものなら、中古のHDDを買ってきて入れ替えてしまい、外したHDDは後日別の用に使っても(費用的に)よいかも知れません。
目的を書いていただくともう少しよいアドバイスができるかも知れません。