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もしかしたら恥ずかしい質問かもしれませんが、 原子は実際に見ることはできるのですか？

AFMで磁性材料の表面を見ることに関して何か問題がありますでしょうか。試料ステージ周辺にマグネットを使っているため磁性材料をステージにそのままでは置けないのですが、ステージに接着剤で固定したらいいのかなと思いました。しかし、カンチレバーか何かに磁性が影響して見れないあるいは最悪故障の原因になるみたいなことは無いのでしょうか。

走査トンネル顕微鏡やら電子顕微鏡やらよく分かりませんが、原子や分子が見える顕微鏡があると思います。 「見える」という行為は不確定性原理には反しないのでしょうか？ 実は見えにくいが不確定性原理に反しない程度にブルブル震えているのでしょうか？ 回答よろしくお願いします。

初歩的な質問かもしれませんが、なかなか実験がうまくいっていないため、アドバイスをいただけないかと思い、質問させていただきました。DNAは50bpの線状のものを用いています。DNA溶液をSi基板上へ塗布する際には、バッファーなどを純水で洗い流すリンスをする必要があると論文などにも書いてあり、試みているのですが、具体的にはどのようにすればよいのでしょうか？現在は、リンスをした後は、基板は乾燥させ、AFMで観察するつもりですので、基板上のDNA溶液を自然乾燥させた後に、上から純水をかけ、それを窒素ガスで吹き飛ばし、乾燥させています。

実験に用いる微細パターンの施されたサンプルの表面形状を測ることを考えています。 すると複数の格子のような溝が彫ってある部分で、形状画像上のエッジ部分が絵の具を引き伸ばしたように計測されました。 ほぼ同形状で問題の溝に垂直な方向へ伸びている溝に関してはそのような結果は見られませんでした。 原因として怪しいのは走査方向で、走査方向（画像上の横方向）と垂直な溝の方に問題が現われています。 わかりにくい説明かもしれませんが、心当たりのある方やズバリこの現象のことをご存知の方がいらっしゃいましたら、アドバイスをよろしくお願いいたします。