回答ではありませんが・・・、
>大量に重複プログラムが出てきました。
Windows 2000/XPでは、システム関連のプログラムファイルやダイナミックリンクライブラリファイルを、不用意な削除から保護する『システムファイル保護機能』という機能があって、
"C:\WINNT\system32\dllcache"フォルダ（←2000）または"C:\WINDOWS\system32\dllcache"フォルダ（←XP）にバックアップファイルが保存されていますから、重複するファイルが大量に存在して当然なのです。（"dllcache"フォルダ内のファイル総数は2000以上、その内、プログラムファイルは300～400。）
重複しているプログラムファイルの一方が、"C:\WINDOWS\system32\dllcache"フォルダにあるファイルの場合には、
通常使用されているプログラムファイルを削除しても、"C:\WINDOWS\system32\dllcache"フォルダにあるバックアップファイルから自動的に復元され、削除する意味がありませんし、
バックアップファイルの方を削除してしまうと、通常使われているプログラムファイルの方を間違って削除した時に、『Windows 2000/XPのCD-ROMをドライブにセットしてください』というメッセージが表示され、その度にCD-ROMをドライブにセットしなければならなくなります。（メーカー製PCのように、CD-ROMの内容がハードディスク内にコピーされていれば、CD-ROMを要求されることはありませんが・・・）
システムファイルの復元をキャンセルすることも出来ますが、ファイルによっては復元が出来ないと、Windowsが起動しなくなることもあります。
重複しているからといって、安易に削除してしまうと、上記のような面倒が待っていますョ。
補足
以前に、スパイウエアのためにOSをアップデートインストールしたため、同じファイルが三重くらい入っているみたいです。そのため、立ち上がりに時間がかかるようです。