初期化で消えないウイルスはスマートフォンにも存在し得ます。
PCとスマートフォンの違いは、OS領域とアプリ領域の分離にあります。
PCはデバイスドライバのインストールによって周辺機器をOSメーカーが介在することなく扱え、拡張できるという要素があり、またユーザーが特権レベルを持つ管理者でもありますから、OSを変更できる仕組みが汎用的に用意されています。
一方でスマートフォンのOSは、ユーザーがデバイスドライバをインストールできず、ユーザーは特権レベルを持たない管理者で、OSの変更ができないようコントロールされています。
その上でAndroidの場合はシステム領域への書き込みが特権レベルからもできないよう処理されています。
そしてアプリはサンドボックスという閉鎖領域の中で実行されるため、セキュリティホールを見つけて突破しない限り、特権レベルやシステム領域をOSのコントロールから外れてアクセスできません。
ですからPCと違い、ユーザーがインストールしたアンチウイルスソフトでさえ特権レベルがない状態で実行されていますし、ウイルスもセキュリティホールを見つけて突破しない限り初期化でも消えない状況は作れません。
補足
ちなみにそのような挙動をするウイルスはiPhoneで発見されているのでしょうか?