>1.
・Safariで表示しているページを「PDFをiBooksに保存」
のことを指しているのなら、保存時にはそれはできません。サイトから取得した名称で直接保存されます。保存は保存だけです。
ですが、一旦保存されたものをリネームはできます。iBooks側で、
・「選択」をタップ
・修正したいPDFファイル名の部分を長押し
・修正
・「完了」をタップ
iPadはタップ・スワイプ・長押し・ドラッグ位しかできないので、どれかをやってみることですよ。
>2.
おそらくファイル形式はJPGでしょう。JPGファイルは既に圧縮済みですから、それを又圧縮する必要はないと思います。（圧縮してもそれ程小さくはなりません）
画像そのもののサイズを小さくしたいのであれば、画像の解像度を変更できるアプリを別途インストールして下さい。
どうしてもzip等で圧縮したいのであれば…
・写真を撮る（画像として保存される）
・圧縮するアプリ（別途インストールする）で、「写真」から対象のファイルを選んで圧縮・そのアプリが保存できる場所に保存する
・メールアプリでメールを作成、添付ファイルとして圧縮したファイルを指定する
（注）基本的にはメールアプリから圧縮アプリが保存した場所を参照することはできません。ですから、メールアプリと圧縮アプリの両方から参照できる場所に、圧縮されたファイルを保存しなければなりません。メールアプリが参照できる場所は、iCloud/Dropbox/Onedriveなどのクラウドと「画像」位しかありません。
圧縮アプリがこれらのクラウドに保存できれば、そこを経由してファイルを取得し添付することが初めて可能になります。クラウドに保存できない圧縮アプリでは実現はできません。（私はiPadでファイルを圧縮することがないのでインストールしていません）
1.の件もそうですが、通常パソコンでやっているような操作をそのままiPadに置き換えることはできないのです。
１つのアプリでは、そのアプリがサポートしていることしかできません。また、異なるアプリが同じ領域を参照することは基本的にできません。それがiOSです。（アプリ領域の独立性が高いのでセキュリティ的にも堅固と言われる所以です）
なので、元々アプリ間の連携機能が少ないiPadでは、やりたいことを複数の操作に分けて考え、各アプリケーションができる範囲でそれらを組み合わせるしかないのです。
この辺りの考え方を変えないと、何かをする際に逐一立ち止まることになってしまいます。
お礼
早速の丁寧な御回答ありがとうございます。PDFのタイトル変更出来ました。写真の方も教えていただいた通りにしてみます。