サーバーの種類を明記していない時点で、コンピューターについての知識が危ぶまれますけど…
サーバーがNASのことであれば、標準で管理ツールがある場合があります。
また、付属の管理ツール以外のソフトを追加できない場合があります。
Linux系OSを含むUNIX系OSのファイルサーバーであれば
UNIX特有の特性や都合を考える必要があります。
Windows ServerやWindows Storage Server搭載のNAS製品などであれば
Windows用のソフトが使えたりしますが、本質的にはサーバーの信頼性を維持するために
安易に、よくわからないソフトを"実験的に"導入してみることは避けるべきです。
Linux系OSやFreeBSDなどによるサーバーであれば、標準のリポジトリーがあるのが普通で
その中にあるソフトのインストールについては、リスクはあまりありません。
Windows用の無料ソフトの導入は、そういったリポジトリーが無いため
アドウェアや悪意あるソフトが混入してくるような場合もあるので、注意が必要です。
サーバーにモニターやキーボードが付いていない場合
別室にあり、特別の手続き無しに、直接操作できない場合は
LANを介して操作することになります。
この場合は、基本的には作業をするコンピューター側にあるソフトで作業し
SMB,CIFSといったプロトコルを介してサーバーのファイル操作を行います。
もしWindows Server 2003が現存しているとしたら
SMB1.0の制限から、遠隔操作でのファイル管理が非効率的な場合があります。
というか、延長サポート終了で、すでに新しいサーバーOSへの移行が推奨されています。
http://internet.watch.impress.co.jp/docs/news/20150715_711852.html
Linux系OSを含むUNIX系OSによるサーバーの場合
GUIが組み込まれていない場合もめずらしくありません。
逆に,GUIが組み込まれている場合は、X Window SystemによるGUIは
ネットワーク透過なので、サーバー側にインストールしたソフトを
ssh転送を介して、Xが動くクライアントPC側で操作できます。
コマンドラインでのファイル操作を併用できるのであれば、これが効率的です。
サーバーに、VNCサーバーやRDPサーバーなどが入っていれば
Windowsなどでも、遠隔操作で管理作業がしやすくなります。
ただサーバーには省電力を重視したものもあるので
CPU性能が低く、メモリー量も多くなく
サーバー自体にソフトを追加して作業することに無理がある場合もありえます。
サーバーのハードウェア構成によって…
どうやってアクセスするかによって…利用できる手法が違い
また利用できるソフトも違ってくるわけです。
そのへんを見なおして、より適切と考えられるカテゴリーで
状況を説明しつつ再質問したほうがいいかもしれません。
