今使っているディスクを初期化するということだったらOS XのCD-ROMから起動して「主に日本語をしよう」をクリックした後continueが続けるに変わったらinstllerメニューの中の「ディスクユーティリティを起動」を選択し、ディスクユーティリティを起動します。
ディスクユーティリティではハードディスクをクリックして選択した後「消去」で消去します。
必要に応じてOS 9のドライバを入れるかどうかのチェックを入れてください。
同じところでパーティションをクリックしてパーティションを分けることもできます
増設したディスクの初期化だったらCD-ROMからでなくてもユーティリティフォルダの中のディスクユーティリティを起動して上記作業をすればいいです。