非常に難しいというか、大事なことなのかも知れません。
パソコンに限らず、コンピュータ一般に言えることなのですが、ファイルシステムという概念で、ファイルの読み書きは、ファイルシステムによっていろいろな形式があること。
貴殿がこのカテゴリに質問されているのでいろいろなことを場合分けして記載しないといけないということが一つ。
簡単にいうと、Windows系、MAC系、LinuxやUNIX系といったOSによりファイルの読み書きできる形式が異なることです。
NTFS、FAT16、FAT32は、Windows系で読み書きできます。
同様に、MACのファイルシステム、Linuxのファイルシステムといったキーで検索されると良いと思います。
それぞれ読み書きできるファイルシステムにより可能なものであれば、互換性があるということをまず理解してください。
ただここで重要なことは、互換性といっても、読み書きする文字コードの問題は別です。
文字コードもいろいろなコードがあります。
コンピュータの進化で、8ビット文字コード、16ビット文字コード、32ビット文字コード、日本語2バイト文字コード、と言ったものがあります。
おそらく貴殿の質問内容では、ファイルシステムによる互換性のことが疑問だったと思います。
よって、Windowsの場合、NTFSと、FAT16と、FAT32でフォマットしたファイルシステムであれば、どんな媒体でもその互換性は保証されるようにパソコンの基本機能であると理解してよいと思います。