エーゲ海クルーズと言ってもピンからキリです。アテネを基点とする１dayクルーズに始まり、数日間のもの、1週間位のもの、豪華クルーズ船によるエーゲ海の島々周遊ツアーもあります。
どこかの島の観光をメインにするという観点では、島と島（or港）間の移動を船で、とういう方法もあります。
rannpuさんのイメージされているエーゲ海クルーズとはどのような感じでしょう？
日本の方にもっとも一般的なのはアテネからの１dayクルーズだと思いますが・・・
あと、クルーズの旅行社とのことですが、これはクルーズ会社のことですか？それともクルーズ会社の窓口になる旅行会社のことでしょうか？
クルーズ会社ということでしたら、エーゲ海クルーズを運行している会社自体が限られています。
アテネ発着のクルーズであればロイヤル・オリンピックやゴールデン・サンなど。
それの代行窓口としての旅行会社であれば沢山ありますが、日本手配、現地手配の日本の会社、現地の会社などがあります。まぁ、いずれにしろクルーズのみの手配を依頼するのであれば大差はありませんが。
クルーズの航路や種類を特定すると、自ずと旅行会社orクルーズ会社が絞られてきます。
まずはクルーズの種類を特定した方が良いでしょう。（アテネ発の１dayクルーズとか、エーゲ海周遊のクルーズとか）
さて、お勧めの島ですが、単発で島だけ（クルーズという観点を抜きにすると）で考えると、やはりクレタ、ミコノス、サントリーニ、ロードス当辺りでしょうか。遺跡やギリシャ神話に興味があればクレタは最高です。
ギリシャを代表する青い海、白い壁はサントリーニやミコノスがお勧めです。
ロードスは景色もさることながら、史跡にも恵まれていますのでそういう意味でも興味深いでしょう。
１dayのクルーズはもうコースが決まっているので日数が限られているのであれば文句なしにこれです。
まずは日程、旅行（クルーズ）のタイプや、rannpuさんが興味があるものなどを絞ってみると、もう少し多くの情報が得られると思います。
ギリシャ政観のHPです。政観のHPとしては非常に見易くできています。
多少は参考になるかと思います。
