地元の者としては(勿論私個人の意見ですが)、一泊$100程度かそれ以下のホテルはどこも一長一短という感想を持つのですが、立地条件に加え、ご質問者の方の行動時間帯も併せて、例えば夜遅くホテルに戻る際におっかなくないか、等といった点も考慮されてはと考えます。私の知る限りで日本人の方をよく見かけるホテルを例に挙げてみます。
【ミッドタウン辺り】
Hotel Wolcott (4 W 31st St, Broadway と5th Ave の間)
ここは一般的に格付けが低い(★)ので、Upper West Side 辺りに多い weekly studios (週$200-300程度の長期滞在型アパート兼ホテル)等と同等とお考えになってはいかがでしょう。この地区は夜間人口が激減するので、特にこの区画は夜は人が行かない地区です。昼は問屋街に近いので込みますが、日本の皆さんが想像する『アメリカ人』っぽい人の姿はあまり見かけないでしょう。歩いて楽しい街では決してありませんので、街自体は日本人には不人気でしょう。
Hotel Herald Square (19 W 31st St, Broadway と5th Ave の間)
どうしてもこの地域の利便性を考慮されるなら、むしろ同じ区画内で道路の反対側(北側)にあるこちらの方が、よほどホテルらしいでしょう(★★★)。Spanish系の管理ですが、それ程チャッチャカと騒々しい訳ではありません。
Chelsea Inn (46 W 17th St, 5th Ave と6th Ave の間)
思い切って14丁目界隈で、Union Square Park とChelseaの繁華街地区(主に7-8 Ave 沿いで14丁目-23丁目の間)の中間に位置するこの辺りであれば、30丁目辺りよりも夜間の人の往来があり、安心できるかもしれません。私は利用したことはありませんので、旅行代理店の方に聞いてみて下さい。
【ソーホー界隈】
Off SoHo Suite Hotel (11 Rivington St, Bowery と Christie St の間)
長期滞在型でSoHoと名がつくので日本人に人気があるのかもしれませんが、あくまでも "off SoHo" (つまりSoHoではない！)でしかもBoweryの東側でなので、夜暗くなってからここへ戻るのは気分のいいものとは思えません。私の近所なのですが、正直にいうと汚い、臭い、暗い、そういった界隈で、それでも「背に腹はかえられない」というハングリーなニューヨーカーが仕方なく住む街です。これ以外のSoHoの中心地区(Broadway から West Broadwayにかけて)のホテルはどれも$200-300はします。
【大型ホテル】
$100近辺で大型のホテルであれば気が楽かもしれませんので、古いですが昼夜人の往来があるHotel Pennsylvania (401 7th Ave, Penn Station の前)とか、あるいは夜はあまり人通りはありませんが新しめでしかも街全体が安全なHabitat Hotel New York (130 E 57th St, Park Ave と Lexington Aveの間)あたりはどうでしょう？
【でなければ伝統の...】
Washington Square Hotel (103 Waverly Place, Washington Square Park の西北の角近く)あたりなら、アールデコ調で感じがいいでしょう。但し部屋がとれるかどうか...
Gramercy Park Hotel (2 Lexington Ave, Gramercy Park 北側)も古いのですが、夜は人通りのない地域ですから、地下鉄の駅から2-3分歩いて戻るのも、それ程楽しいものではありません。
+++++
マンハッタンというと、どこも繁華街で夜でも人が沢山いると思いがちですが、私の近所のビレッジ界隈を除くと、夜間人口は非常に少ないですし、ホテルの近くは必ずしも人の往来は多くありませんので、超高級ホテルであっても、最寄りの地下鉄の駅から歩く5-10分の間、どの辺を通らねばならないかを考慮され、できるかぎり歩いて楽しい所をお選び下さい。特に夏以外の季節は、寒暖の変化がはげしく、また外燈も決して明るくはないので、ビル風にあおられて知らない通りを歩く事を想像なさってみて下さい。
この点では、Wall Stから(元)WTC界隈は、 夜間は人がおらず、ホテルを出ても買物すらできません。その一方で、Times Square 近辺のホテルには格安のものもありますが、安普請のうえ保全が行き届いてませんから、ジメジメして気持ち悪いかもしれません。といって、(どこにでもあるイメージの) Holiday Inn や『何とかInn』の類は、Manhattan に限っては、場所が不便な所ばかりで、昼夜にかかわらず、近所を歩くのが面白ろくないところばかりです。
最も安心できるのは、お友達のところに寄せてもらうか、往き帰りを夜はタクシーにするとか、$150-200台の★★★にするとか(立地条件が一際良い)、といったところですが... 2-3日であればそれほど気にしなくてもいいのでしょうか？
+++++
あくまでご参考までに。
お礼
どこもいつでもにぎやかなイメージがあったのですが、 場所・時間によるんですね。 多分飲み明かして遅い時間に帰るので、検討しなくては、 と思います。 書き忘れていましたが、３人での旅行です。 日本のようにツイン＋エキストラといったスタイルは 少ないのでしょうか？ ダブル＋ワンベッドとかは良く見かけますが…。