＞主人と息子のアップルＩＤがちがう場合もデータ移動はできるのでしょうか？
出来なくは無いですが、連絡先やカレンダーなど個人のデータが全て復元するデータのものになってしまいます。
質問者さんの場合、ご主人のiphoneのクローンを作る事になるので、ipod内のデータは全てご主人と同じになります。
Apple IDは個人用、家族用（App Store用Apple ID。家族でアプリを使い回したい場合など）
と使い分けることも出来ます。
（個人用＝iCloudやApple IDを使う他のアプリ）
また、全てのデータを書き変えてしまうため、入れ替わりに現在のipod内のデータは削除されますので、iCloudで保存出来るデータ（メール、連絡先、カレンダー、リマインダー、Safariブックマーク、メモ、フォトストリーム（カメラロール））などはiCloudをＯＮにして保存して置いてください。
バックアップ復元後にiCloudに個人用Apple IDでサインインしてＯＮにすれば反映されます。
復元するバックアップは目的のパズドラだけＯＮにしてipod用のバックアップを作ると良いでしょう。
それを復元すれば要らない他のアプリ設定を読み込む事を防止出来ます。
また、アプリもご主人がダウンロードしたものが全て復元されますので、必要の無いものは削除して下さい。
流れ的には以下の様になります。
１）iPod内のiCloud同期出来るモノを全て同期する。
（息子さんのApple IDでiCloudにサインイン）
２）ご主人のiphoneでipod用のバックアップを作る。
（パズドラのみをＯＮにしてバックアップ）
※他にも復元したいアプリのデータが有る場合はそれをＯＮに。
３）息子さんのipodで「バックアップから復元」を行う。
（ご主人のApple IDでiCloudにサインイン）
※「設定→iCloud」で息子さんのアカウント削除後、ご主人のApple IDで再設定。
４）復元後「設定→一般→リセット→すべての設定をリセット」
５）要らないアプリを削除。
６）息子さんのApple IDでiCloudを再設定後、iCloudの同期をＯＮにする。
７）その他設定を再設定。
iPodで息子さんのデータが復元されるのはiCloudで同期出来るデータのみです。
大切なデータが他に有る場合はiPodから転送するなどして、別途保存して下さい。
また、iTunesでは全てのアプリデータをバックアップしますので、アプリデータのバックアップの個別設定はiCloudバックアップしか出来ません。
補足
ありがとうございます！ 実は、クラウドにバックアップ・・を昨日やってみたのですが 復元するという項目から分らなくなってしまいました 主人と息子のアップルＩＤがちがう場合も データ移動はできるのでしょうか？ 質問ばかりで申し訳ございません(T_T)